Pour les élèves inscrits en arts appliqués et dans certaines sections linguistiques (OIB / BFI / certaines LVC), le lycée Magendie propose des places en internat ,au sein du lycée des métiers d’art Toulouse-Lautrec (situé non loin, à environ 15mn à pied).
Ces places sont réservées aux lycéens qui suivent des enseignements spécifiques à recrutement départemental et académique.